据国内重要学术评价机构——中国科技期刊引证报告（万方数据）和中国学术期刊影响因子年报（中国知网）数据， 2015年版中国科技期刊引证报告中，《吉林农业大学学报》的影响因子为1.071，该影响因子在全国农业大学学报中排名第4位；2015年版中国学术期刊影响因子年报中，《吉林农业大学学报》的影响因子为1.241，在95种综合性农业科学期刊中排名第8位。《吉林农业大学学报》在国内最权威两个评介机构公布的影响因子双双突破1.0，此事被学校评为2015年十件大事之一。